У нас то же самое творится в 1С:БП 8.2(2.0.34.11). Не понятно по какой причине возврат товара поставщику (обратная реализация) не попадает в декларацию по НДС? Будем вручную исправлять...
Методом проб и ошибок было установлено (релиз 2.0.34.13):
Вариант I
Возврат поставщику в попадает в раздел 3 строка 090 "Суммы налога, подлежащие восстановлению, всего".
Для этого: в документе "Возврат товаров поставщику" поле "Документ поступления" оставляем не заполненным, на закладке "НДС" галочку "Поставщику выставляется счет-фактура на возврат" НЕ ставим, в табличную часть "Товары" заносим список возвращаемых товаров, внизу документа нажимаем ссылку "Ввести счет-фактуру" и создаём счет-фактуру.
Вариант II
Возврат поставщику уменьшает сумму НДС к вычету в разделе 1 в строке 050 "Сумма налога, исчисленная к возмещению из бюджета в соответствии с пунктом 1 статьи 173 Налогового кодекса Российской Федерации".
Для этого: на основании Поступления товаров и услуг создаём документ "Возврат товаров поставщику", в нём поле "Документ поступления" должно быть заполненным, на закладке "НДС" галочку "Поставщику выставляется счет-фактура на возврат" НЕ ставим, в табличной части "Товары" оставляем список возвращаемых товаров, внизу документа видим надпись "Счет-фактура (полученный): не требуется".
Выбирайте тот вариант, который вам милее.