В соответствии с Инструкцией по применению плана счетов, утвержденной приказом Минфина России от 31.10.2000 № 94н, суммы причитающихся налоговых санкций (в том числе штрафов) отражаются на счете 99 "Прибыли и убытки" в корреспонденции со счетом 68 "Расчеты по налогам и сборам" (письмо Минфина России от 15.02.2006 № 07-05-06/31). Для перечислений во внебюджетные фонды аналогично, только счет кредита 69.
На 91 счете учитываются санкции по хозяйственным сделкам.
При таком отражении в бухгалтерском и налоговом учете налоговых санкций не возникает ни постоянных, ни временных разниц (п.п. 4 и 8 ПБУ 18/02). Иначе они будут, поскольку при учете расходов по налогу на прибыль не учитываются штрафные санкции по перечислениям в бюджет и внебюджетные фонды, а иные штрафы и неустойки учитываются в расходах.