Тут много факторов. В основном это из-за перерасчётов прошлого периода + относительно КОСГУ и сотрудника. Если говорить о перечислении, то перечисляется НДФЛ удержанный, а НДФЛ удержанный не может быть отрицательным. Если НДФЛ исчисленный -100р., то НДФЛ удержанный равняется нулю, и у сотрудника временно остаётся сальдо, пока в следующих месяцах НДФЛ не перекроется.