В таком случае, я рекомендую запросить у руководителя номенклатуру дел, которая является обязательным документом (среди прочих обязательных локальных нормативных актов и документов) по закону об архивном деле, и является приложением к инструкции по делопроизводству.
В номенклатуре дел должны быть специальные разделы для бухгалтерских документов, и каждому делу (папке) присвоен свой индекс. Вот в этих папках Вы и должны формировать дела теми документами, которые относятся к Вашим обязанностям.
Что касается хранения счетов-фактур и накладных, то это должны быть, как правило, 5 разных папок. Три папки - в соответствии с Правилами ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж (соответственно, сам журнал, книги продаж вместе с выставленными счетами-фактурами, книги покупок вместе с полученными счетами-фактурами), две папки на документы по получению ТМЦ, услуг, работ и по отгрузке (продаже) ТМЦ, услуг, работ.
Просто счета на оплату можете формировать в отдельной папке или вместе с документами по полученным ТМЦ, услугам, работам. В банковские документы счета, ИМХО, покреплять не нужно.
Что касается кассовых документов, то папки с ПКО быть не должно. Должна быть папка с отчетами кассира, куда формируются предварительно прошитые и опечатанные ПКО, РКО, вместе со вторыми листами кассовой книги и документами - основаниями для РКО.
Документы по оплате наличными поставщикам должны подкрепляться не к кассовым документам, а к авансовым отчетам, и формироваться в отдельной папке.
)))