у Вас есть документ "Договор на выполенение работ с физ.лицом" - это и есть ГПХ. Оформляете этот документ и при начислении зарплаты программа будет считать суммы.
если Вы находитесь в Интерфейсе "Расчет зарплаты организации" то этот документ в разделе "Сотрудники" - "Договоры на выполенение работ"
