Для работы по договору подряда сотрудника не принимают, с ним заключают такой договор (правда это вопрос терминологии).
На закладке расчета зарплаты открываете Договоры ГПХ и Добавляете Новый, выбираете сотрудника, если его нет (Ваш уволенный никогда не работал по договорам), то добавляете и далее по подсказкам Помощника (например после набора фамилии и имени он обнаруживает нужного и Вам остается подтвердить, что берете отмеченного и не создаете ново физлицо).