Ketrin?, мне трудно судить все или не все Вы проверили, но что касается внутреннего совместительства, то этот отчет, равно как и ЗП-Наука, должен его учитывать; у нас руководители учреждений как правило являются и заведующими лабораторий. И этот факт, если такое совмещение допустимо финансово, то оно в отчете отражается в колонке 4 (у Вас мне кажется тоже); численности не меняются, т.к. это одно и то же физлицо, а по категориям распределено в соответствии с основной должностью, что разумно.
Советую обратить внимание на то, имеются ли увольнения с выплатой пособий, отпуска по беременности и родам и сопутствующие им единовременные пособия, или какие-то другие, которые по определению не являются составляющей ФОТ, имеются ли ДГПХ и т.п.;
это то, что есть у меня и что лежит на поверхности.
При анализе подобных случаев удобно пользоваться сводным (по всему периоду) Сводом по зарплате, и/или Расчетной ведомостью по категориям (она легко создается в настройках структуры отчета); в первом случае Вы видите все начисления, а во втором их "расстановку" по категориям.