Как вычислить реальные остатки по себестоимости?

Релиз конфигурации? Зависает где? Розница?

А что Вы тогда хотите в итоге получить? Наводите порядок в учете. Оформляйте пересортицу, не позволяйте списывать "в минус". Если бардак в учете, то программа Вам не поможет.

Как у Вас написано в учетной политике? По средней, ФИФО, ЛИФО - так и нужно списывать. Что Вы хотите определить? Сколько у Вас сейчас запасов в суммовом выражении, тут при пересорте что-либо посоветовать сложно. Я не уверен, но вроде как по результатам инвентаризации принимается решение как учитывать "найденные" МПЗ, и один из вариантов - по последней по времени цене поступления. Вроде так звучит. Это то что касается излишков. Что касается недостачи - ну тут программа сама Вам спишет себестоимость в зависимости от настроек учета. Вроде как-то так.