Как в проведенной реализации автоматически изменить счета учета БУ на несколько позиций?

Используйте строенную обработку. Сервис->Групповая обработка справочников и документов. При отборе документов установите признак обработки табличных частей. После того как отберете документы в настройках установите признак "Показать все колонки" и "Разрешить изменение реквизитов объектов". Далее стандартные действия. Меняем и восстанавливаем последовательности.

В смысле нет? Нет обработки или нет флажка "Обрабатывать табличные части"?

Поаккуратнее, после записи изменения откатить нельзя будет. Я бы сначала на кошках потренировался.

Хм, Вы меня наверное не так поняли. Откатить я имел ввиду механизм отмены действия, ну как в офисных приложениях. Просто если результат Вас не устроит, придется делать все снова, т.е. изменять значение реквизитов через эту же обработку.