Учредитель не является руководителем организации. Он не распоряжается деньгами организации. Если он директор - с ним должен быть заключен трудовой договор, иначе нет оснований взаимоотношений физ. лица и ООО.
Вы не правы в плане того, что с директором, который является учредителем, в обязательном порядке заключается трудовой договор. В этом споре давным давно поставлена точка положениями Закона об ООО и судебной практикой (есть ещё положения Устава, но они не могут проиворечит закону). Между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, заключается договор. Но нигде не установлено, что заключается именно трудовой договор. Если учредитель единственный, то тем более. Понятное дело, что такой руководитель не будет иметь никаких социальных гарантий по Трудовому кодексу, и не будет получать заработную плату. Но он может получать вознаграждение в другой форме, не считая дивидендов, в порядке, установленном уставом предприятия и решениями высшего органа управления (и договором с обществом).
Другой вопрос, что зачем такой геморрой нужен? Я в таких случаях стараюсь убедить учредителя до последнего, чтобы руководитель был трудоустроен. Но люди разные бывают, и приходится таким организациям увеличивать плату за обслуживание, так как постоянно с ними какие-то проблемы.