При предоплате товара продавцу, регистрировать полученный от продавца счет-фактуру на аванс в книге покупок не обязательно, поскольку это право покупателя, а не его обязанность. Если счет-фактура всё же зарегистрирована в книге покупок, то есть покупатель воспользовался вычетом, при получении товара, регистрируем полученный от продавца счет-фактуру на отгрузку в книге покупок, и одновременно восстанавливаем сумму НДС, регистрируя ранее полученный счет-фактуру в книге продаж. Если не было счета-фактуры на аванс, регистрируем полученный от продавца счет-фактуру на отгрузку в книге покупок. Теоретически возможен вариант, когда при регистрации счета-фактуры на аванс в книге покупок, не регистрируется счет-фактура при получении товара, так как вычетом уже воспользовались, но в книге покупок должны регистрироваться счета-фактуры в хронологическом порядке, значит при проверке возможны претензии ИФНС. Поэтому, я никогда не пользуюсь вычетами по счетам-фактурам на аванс, по произведенной поставщикам предоплате (по правде сказать, и счетов-фактур на аванс давно не получал, и не требую их никогда от продавцов).
При получении аванса от покупателя, регистрируем счет-фактуру на аванс в книге продаж. При отгрузке товаров покупателю, регистрируем счет-фактуру на отгрузку в книге продаж, и одновременно в качестве вычета регистрируем счет-фактуру на аванс, выданную ранее при получении предоплаты, в книге покупок.