Если все еще актуально!
Особенность 2016 - это 6-НДФЛ и все, что связано с этим.
Лучше продолжать "как есть", страшилки, в т.ч. и со стороны 1С, как-то поутихли и даже в Readme к недавнему обновлению одной из конфигураций прозвучало что-то типа поддержки пользователей не снявших эту самую галочку.
Прошло полгода и Вы сейчас сняв галочку получите целый букет дополнительных проблем, связанных, например, с состоянием учета НДФЛ в прошлые годы - лучше все это отложить на начало следующего года; тем более, что работа над алгоритмами заполнения формы 6-НДФЛ продолжается, да и саму форму предполагается изменить.
Если кроме обработки по подготовке 2-НДФЛ, Регистра налогового учета по НДФЛ Вы умеете еще и пользоваться сведениями соответствующих регистров накопления, то в любой ситуации с непонятным автозаполнением формы 6-НДФЛ разберетесь.
А если все же возникнут "неразрешимые" вопросы обращайтесь на форум, но обязательно указывайте способ учета НДФЛ.