Вы в самом деле получили счет-фактуру на авнс от поставщика за произведенную Вами предоплату?
в разделе ПОКУПКИ находите Ведение книги покупок, далее ищите Формирование записей книги покупок. Заполнять этот документ лучше по Верхней кнопке ЗАПОЛНИТЬ в шапке этой формы, а не по кнопке на закладках. Тогда будет заполнена вторая вкладка НДС с полученных авансов.
Советую все таки пользоваться Помощником по учету НДС. и еще проводить ежемесячно, перед подготовкой данных для отчетов, ЭКСПРЕСС ПРОВЕРКА ВЕДЕНИЯ УЧЕТА, она находиться в разделе Отчеты.