Почему сумма к выплате в документах отличаются?

Настройка потому и называется предварительным учетом удержаний, что не является точным расчетом, а служит только для прикидки удерживаемых в будущем сумм. Поэтому ожидать точного расчета в любом случае не следует.
При расчете "откладываемых" сумм делается максимально "фискальная" оценка - без скидок, регрессий и так далее.
Это сделано для того, чтобы уменьшить вероятность нехватки средств на удержания при окончательном расчете.
Поэтому и НДФЛ берется 13%, хотя почти всегда будет меньше. Потому и алименты берутся с полного дохода. Ведь НДФЛ по итогам месяца может и не удерживаться (имущественный вычет, например).
Другими словами, мы "откладываем" на алименты максимально возможную сумму на случай, если НФДЛ по итогам месяца получится нулевым, а других доходов больше не будет.