Предоплаты в УТ

Того что Вы описываете в УТ 10 нет. Или переходите на 11 редакцию или нужно будет допиливать типовую. Доработок будет достаточно. Объем зависит как хотите реализовать. Если "пофигу как, лишь бы работало" - вносим изменения в заказ покупателя, в корректировку заказа, документы движения денежных средств, делаем отчет. Если "нужно доработать так что бы потом можно было беспроблемно обновления накатить" - сложность доработки увеличиться раза в два по отношению к первому варианту. И при первом варианте и при втором все равно документы придется править, но во втором изменений будет не много, в первом же все будет делаться в существующих объектах.
Решать Вам.

Вот Вы вопросы-то задаете
Прежде чем оценить стоимость и сроки нужно понять что именно Вы хотите. Может быть реализация самого механизма учета сроков и размеров предоплаты будет не сильно трудоемкая, но при этом Вы можете "нарисовать" такой отчет, реализация которого займет львиную долю всей работы. Поэтому прежде чем оценивать объемы и сроки нужно пообщаться. Если Вы в Московском регионе - тогда нужно встречаться, если нет - ну тогда телефон или скайп.
Я конечно приблизительно могу оценить объемы работ и стоимость, благо пару раз уже делал аналогичное, но это будет с разбросом +/- 50%. По обоим вариантам сроки примерно от месяца до двух-трех. Это включая все этапы: разработка, тестирование, обучение, запуск в эксплуатацию.
По стоимости - ориентируйтесь на от 50-60 тысяч. Вариант 2 - будет дороже процентов на 25-30. Если нужна будет документация на изменения и пользовательская документация - добавляйте еще примерно 10-15%.
И еще раз повторюсь - данная задача это не просто "пару отчетов сваять", поэтому в любом случае ее стоимость не будет меньше полтинника.

PS. Если надумаете - создавайте тему в разделе заказов на разработку, или пишите в личку. Если начнем тут обсуждение заказа на разработку, то модераторы всю ветку перенесут в раздел заказов.

Создайте тему в разделе заказов на разработку. И напишите мне в личку где Вы находитесь. Нужно встречаться и обсудить что в итоге Вы хотите получить. Потом можно будет вести переговоры о сумме и сроках.