Причина задвоения НДФЛ в том, что в регистре накопления "Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ" заполнены обе колонки: ОКАТО_КПП и ОКТМО_КПП, а в СКД-запросе "забыли" про условие типа "начиная с 2014 года"; в результате отбор дважды: по ОКАТО и по ОКТМО за один и тот же период.
Как побороть? А стоит ли? Проверьте стандартные отчеты по счету.
Но если уж очень хочется:
- "допилить" запрос (лично я подожду, когда 1с-ники это решат);
- воспользоваться какой-нибудь простенькой обработкой очистки ОКАТО, начиная с 01.01.2014.